До складу Ніжинського краєзнавчого музею імені Івана Спаського входять чотири повноцінні відділи: історичний, художній, «Природа Приостер’я» та «Поштова станція».

Історичний відділ (вул. Батюка, 14) складається з шести залів в яких експонується понад 2 тисячі оригінальних експонатів. В залах представлена історія міста від доби первісності до сьогодення. Експонатура відділу представлена: археологічними колекціями, що репрезентують дописемну історію, історію давньоруського та литовсько-польського періоду, козацьку епоху; оригінальними документами козацьких часів та імперської доби; фотоматеріалами ХІХ-ХХІ століть; стародруками та рідкісними книгами, періодикою; етнографічними колекціями; предметами побуту та особистими речами визначних особистостей та простих містян ХVІІ-ХХІ століть; зброєю різних епох та ін.

Художній відділ (вул. Батюка, 6) складається з трьох експозиційних та одного виставкового залу. В експозиційних залах представлені картини всесвітньо відомих художників С. Ф. Шишка, М. І. Стратілата, П. С. Орла, Ю. І. Галича, В. Доброліжа, С. М. Рибака, О. Г. Якимченка. Окрема зала музею присвячена життю та творчості «цариці української сцени» Марії Заньковецької. В експозиції – особисті речі актриси, унікальні афіші вистав, в яких вона грала, програмки, фотографії акторів театральної трупи, створеної М. Заньковецькою у Ніжині. Виставкова зала щомісяця змінює експозицію. За час існування відділу у ній експонувалися понад 250 тимчасових виставок. Серед них: виставки з колекцій Чернігівського та Національних художніх музеїв, персональні виставки художників, фотохудожників, майстрів декоративного мистецтва.

Відділ «Природа Приостер’я» (вул. Батюка, 14) складається з двох зал. Відділ репрезентує фізико-географічну характеристику краю, рослинний та тваринний світ регіону. В експозиціях представлені кожна пора року та кожен сегмент екосистеми краю з опудалами та фотографіями типових представників фауни, гербаріями, різноманітними картами, схемами та таблицями.

Відділ «Поштова станція» (вул. Поштова, 5).
Унікальна експозиція відділу розміщена в одному з будинків комплексу будівель Поштової контори – пам’ятки архітектури XVIII століття та рерпрезентує розвиток поштової справи в Україні вцілому та в Ніжині зокрема. В музейних вітринах представлені оригінальні колекції дорожнього побуту: поштові приладдя, чорнильні прибори XIX-XX століть, піддужні дзвіночки, підсвічники, колекції поштових марок Росії і України, матеріали про функціонування Ніжинської поштової контори і роботу її працівників.

За архівними джерелами в окремому залі відтворено інтер’єр кімнати станційного наглядача з робочим місцем та місцями для відпочинку подорожуючих. Окрема частина експозиції відділу присвячена відомому українському художнику-баталісту Миколі Самокишу, який народився у будівілі, де тепер розміщений музей.