Музей створено в 1985 році на базі унікальних книжкових зібрань університетської бібліотеки – однієї з найдавніших наукових книгозбірень України.

У двох залах музею експонується понад 20 тисяч раритетних видань, кожне з яких має свою цікаву історію.

Гордістю музею є унікальні колекції європейських палеотипів, зразки видавничої продукції видатних європейських друкарських фірм XVI – XVIII століть, кириличних стародруків XVII – XIX століть, книг латинського та гражданського друку, україники XVIII – поч. ХХ століть, видань української діаспори тощо.

Серед експонатів музею є книга-рекордсмен – напрестольне Євангеліє 1689 року з Ніжинського Благовіщенського монастиря. Це – величезного розміру фоліант, що важить майже 18,5 кілограмів та має висоту 97 см. Найменша книга музею має розмір 8 см та вагу менше 100 грамів: це путівник для туристів, що датується 1624 роком.

Музей є чи не єдиним в Україні власником повного комплекту (2 томи та атлас з малюнками та кресленнями) видання книги «Подорож навколо світу» відомого мореплавця, прешовідкривача нових земель та нашого земляка-ніжинця Юрія Лисянського (1773-1837), який у 1803-1806 роках разом з І. Крузенштерном здійснив першу в історії Російської імперії кругосвітню подорож на кораблях «Нева» та «Надія». У 1824-1827 роках Ю. Лисянський особисто подарував цей комплект до бібліотеки гімназії (нині Ніжинський державний університет імені Миколи Гоголя).